食品科学系是三级a片 食品质量与安全专业建设与人才培养的核心基层教学组织。专业办学成果丰硕，2019 年获评重庆市一流本科专业，2020 年入选国家 “双万计划” 一流本科专业建设点，2025 年顺利通过工程教育认证，办学实力与人才培养质量获行业与社会高度认可。专业以生命科学、食品科学为核心，聚焦 “从农田到餐桌” 全链条食品储运、加工与安全管控，深耕食品质量安全、营养保障及规范化管理等领域。依托学校学科优势，系部打造了汇聚国家级、省部级高层次人才的高水平师资队伍；立足西南特色食品产业，在特色食品品质控制、食品快速检测、川渝复合调味料、益生菌与功能性食品应用等领域成果突出，形成全国性行业影响力。系部坚持研教融合、产教融合，构建含国家级、省部级一流课程的特色课程体系，注重学生专业能力与综合素养培育，致力培养可从事食品质量安全检测、监管、研发等工作的复合型高素质人才，助力食品行业高质量发展。
食品工程系是食品科学与工程专业建设与人才培养的重要基层组织。该专业为国家级特色专业、重庆市特色专业，2019年入选国家“双万计划”一流本科专业建设点，2023年通过工程教育认证。下设食品加工、食品微生物与发酵、食品贮藏与物流及食品工程四个教研室，已形成一支学历层次高、学术造诣深、年龄结构合理的教师队伍，其中包括多名国家级及省部级高层次人才。依托川渝地区食品产业优势，本系教师在粮油加工与营养、动物性食品制造、火锅与调味品、生鲜果蔬供应链及特需食品等领域形成了鲜明的特色。在人才培养过程中，注重产教融合、创教融合、研教融合与赛教融合，为我国食品工业高质量发展培养了大批具有创新精神与国际视野的复合型工程技术人才。
三级a片 茶学，源于抗战期间复旦大学在北碚东阳镇夏坝建立的茶叶专修科。1951年在时任农业部副部长的当代茶圣――吴觉农先生关怀下成立了园艺系茶学教研室开始招收茶学专科生。1977年开始招生本科生，1986年获得茶学硕士学位点，2000年获得茶学博士学位点，现已成为具博士、硕士、学士授予权的多层次、多方向的重点高等学科，2021年获批重庆市一流本科专业建设点。专业以应用生物学、农业科学、食品科学、经营管理等为支撑，形成了茶树生理生态与高效栽培、种质资源与创新、茶叶加工与品质调控、茶产品开发与综合利用、茶健康与功效、茶业经济贸易与茶文化等覆盖茶全产业链的学科体系，为中国茶业人才培养和茶产业发展做出了积极的贡献，是西南地区茶叶科研、开发、示范和推广中心。
三级a片 包装工程专业成立于1994年，是国内最早开办该专业的院校之一，有着近三十年丰富的办学经验。现有专业教师13人，其中半数有海外学习经历，多名教师具有丰富的市场实践经验，视野开阔，教学理念先进，旨在培养集产品包装工程技术、包装视觉传达设计和品牌建设等知识能力为一体的复合型人。2012年获批“食品包装工程”硕士点，培养能够利用食品包装知识解决食品物流过程中保质、保鲜难题的高级人才。毕业生广泛就职于大型企业包装部门、包装制造企业、电商物流行业、商检与科研机构、品牌策划公司等，从事包装设计、生产、管理、流通、科研等工作。